暗网网站,做免费网站需要营业执照吗,俄文网站推广,专业的深圳网站建设公司单细胞RNA测序#xff08;scRNA-seq#xff09;入门可查看以下文章#xff1a;
单细胞RNA测序#xff08;scRNA-seq#xff09;工作流程入门
单细胞RNA测序#xff08;scRNA-seq#xff09;细胞分离与扩增
1. NCBI查询scRNA-seq SRA数据
NCBI地址#xff1a; https…单细胞RNA测序scRNA-seq入门可查看以下文章
单细胞RNA测序scRNA-seq工作流程入门
单细胞RNA测序scRNA-seq细胞分离与扩增
1. NCBI查询scRNA-seq SRA数据
NCBI地址 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?accPRJNA484204oacc_s%3Aa
点击Accession List下载包含SRR*编号信息的文本文件 - SRR_Acc_List.txt。 SRR_Acc_List.txt文件内容
2. 批量下载SRA数据与 fastq-dumq拆分SRA为fastq文件
10X单细胞数据相对比较复杂其测序文库中包括index、barcode、UMI和测序reads。因此需要对SRA文件进行拆分以获取上述文件拆分需要使用fastq-dump软件为sra-tool工具中的软件之一。
** fastq-dumq**使用–split-files来替代–split-3 就可以生成3个文件。第1个文件的所有序列都是8bp第2个文件26bp第3个文件91bp判断第3个文件时包含测序reads的文件。
prefetch 软件安装可参考以下文章 prefetch软件安装
# conda安装
conda install -c bioconda sra-tools ######## 单个SRR数据下载与拆分测试 ########
prefetch SRR7692286# 后台下载
# nohup prefetch SRR7692286 # fastq-dump为-A为指定文件名 --gzip为输出.gz压缩文件
fastq-dump --gzip --split-files -A SRR7692286 SRR7692286.sra# 拆分sra文件, fastq-dump拆分报错可尝试使用fasterq-dump
# fasterq-dump --split-files -A SRR7692286 SRR7692286.sra######## 批量SRR数据下载与拆分 ########
# 根据SRR_Acc_List.txt批量下载nohup为后台下载
prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt# 后台下载
# nohup prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt # 批量拆分sra文件为fastq.gz
cat SRR_Acc_List.txt|while read srr; do (fastq-dump --gzip --split-files -A $srr ${srr}.sra); done4. 了解10X文库组成
R1: 26 表示10X barcode 的 16bp碱基 10bp UMI; i7: 8表示 8bp 样本index序列 Read 2: 98 中星号符号表示长度不固定。
4.1 i7 sample index的作用
i7 sample indexlibrary barcode是加到Illumina测序接头上的保证多个测序文库可以在同一个flow-cell上或者同一个lane上进行混合测序(multiplexed)。不同的项目index不同但在96孔板的每个孔中都加入了4种不同的index oligos混合其作用就是在CellRanger mkfastq 功能BCL转fastq中体现出来的它自动识别样本index名称例如SA-GA-A1将具有相同4种oligo的fq文件组合在一起表示同一个样本从而保证了一个测序lane上可以容纳多个样本。
4.2 10X BarcodeCell barcode的作用
10X BarcodeCell barcode是10X数据特有的用来区分GEMs可对细胞做了一个标记。
4.3 UMI的作用
在scRNA测序中需要进行PCR扩增 一些转录本会被扩增多次超过了其真实的表达量。当起始文库DNA量很小时在进行多次PCR扩增中引入的误差会随着扩增次数的增加而增加。
UMI - Unique Molecular Identifier由4-10个随机核苷酸组成在mRNA反转录后进入到文库中每一个mRNA随机连上一个UMI根据PCR结果可以计数不同的UMI最终统计mRNA的数量重点。
对UMI的要求
不能是均聚物 如AAAAAAAAAA不能有N碱基不能包含碱基质量低于10的碱基
4.4 简而言之
Library Barcode (Sample Index) : 使用样本index序列进行多样本拆分 10x Barcode(Cell Barcode ) 用来区分细胞reads的来源 Unique Molecular Index (UMI) 用来校正PCR扩增引起mRNA数量统计的偏差 Sequencing Reads 用来识别基因的reads
5. fastq文件重命名
参考以下命名要求对SRA拆分获得的样本fastq.gz文件进行重命名。 # 批量重命名
cat SRR_Acc_List.txt| whilre read srr;do \
(mv ${srr}_1*.gz ${srr}_S1_L001_I1_001.fastq.gz; \
mv ${srr}_2*.gz ${srr}_S1_L001_R1_001.fastq.gz; \
mv ${srr}_3*.gz ${srr}_S1_L001_R2_001.fastq.gz);done
