扬州住房与城乡建设局网站,德国室内设计联盟,青海建设工程信息网站,wordpress专题页面Polygenic Risk Scores in R
最朴素的理解PRS#xff1a;
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比如#xff1a;GWAS分析中#xf…Polygenic Risk Scores in R
最朴素的理解PRS
GWAS分析结果中有每个SNP的beta值、se值、P值因为GWAS分析中将SNP变为0-1-2编码所以这些显著的SNP的beta值就可以用于预测。
比如GWAS分析中显著的SNP效应值为
SNP1: 0.3 SNP2: 0.2 SNP3: -0.1
对于target data目标群体检测了3个个体3个SNP的分型分别为
ID1 0 0 1 ID2 1 0 2 ID3 2 2 1
那么个体1的多基因评分为00.3 00.2 1*-0.1 -0.1
个体2的多基因评分为0.3 0 -0.1 0.2
个体3的多基因评分为0.6 0.4 -0.1 0.9
用数学公式表示 beta是效应值G是0-1-2的编码m是m个SNP
实际项目的PRS计算 实际中的项目考虑的因素比较多比如
数据质控群体结构LD值clumpingbeta矫正值通过P值筛选最优组合
相关软件实现PRS分析 plinkbiqsnpr一个R包PRSice应用最广泛通过CT的策略LDpred通过贝叶斯收缩的模型PRS-CSJAMPredLassosum
之前写过PRS的操作流程可以作为参考
多基因风险预测模型1–先立Flag
多基因风险预测模型2–相关概念和软件
不会安装使用PRSice-2软件就太不讲究了
