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在做一些生物信息与医学统计的工作#xff0c;本来偷懒希望只靠python完成的#xff0c;结果还是需要用R语言#xff0c;倒腾了一会儿#xff0c;调成功了#xff0c;就记录一下这个过程。
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win10, pycharm, R-4.3.2 首先#xff0c;我们…前情提要
在做一些生物信息与医学统计的工作本来偷懒希望只靠python完成的结果还是需要用R语言倒腾了一会儿调成功了就记录一下这个过程。
我的环境
win10, pycharm, R-4.3.2 首先我们安装R语言这里给出两个链接
官网R: The R Project for Statistical Computing
清华镜像https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/ 找到download下载与安装好即可可以直接按照默认路径一路确认。
之后就是很重要的配置R的环境变量了如果没有配置会出现如下报错 那么就开始配置
STEP 1. 右键“此电脑”找到“属性”
STEP 2. 在设置内点击“高级系统设置”在“系统属性”界面中找到“环境变量” STEP 3. 在环境变量中找到系统变量点击“新建” STEP 4. 变量名 R_HOME变量值为R的地址可以按照刚刚的下载路径找到 一路确定完成配置。
之后打开cmd测试一下是否配好了 直接输入R弹出如下界面配置成功。
之后我们回到Python环境进行最后的配置。
要在Python中运行R都是在Python环境中需要调用rpy2这个库pip install即可 之后也按要求分别在R和Python中按照报错信息一路安装缺失的库即可。 最后我们可以顺利运行程序开始有趣的研究了。 附件一些常用R代码
关于R语言的一些常用代码:
安装R包
install.packages(packagename) 加载R包
library(packagename)查看已安装R包
installed.packages()data.frame管理
df - data.frame(col1, col2)
head(df) # 查看前几行
tail(df) # 查看后几行
str(df) # 查看结构绘图
plot(x, y)
hist(x)
boxplot(x)统计学分析
mean(x)
sd(x)
t.test(x, y)读取外部数据
read.csv(file.csv)
read.table(file.txt)写出结果
write.csv(df, filename.csv)以上是R语言的一些常见操作,日后如果需要详细了解可以查询R语言教程。
也欢迎各位医学、数据分析和人工智能的朋友们一起交流讨论
