建立网站账号违法行为数据库,wordpress计次查询,揭阳建设局网站,做外贸免费发布产品的网站Phono3py是一个主要用python写的声子-声子相互作用相关性质的模拟包#xff0c;可以基于有限位移算法实现三阶力常数和晶格热导率的计算过程#xff0c;同时输出包括声速#xff0c;格林奈森常数#xff0c;声子寿命和累积晶格热导率等参量。
相关介绍和安装请参考往期推荐…Phono3py是一个主要用python写的声子-声子相互作用相关性质的模拟包可以基于有限位移算法实现三阶力常数和晶格热导率的计算过程同时输出包括声速格林奈森常数声子寿命和累积晶格热导率等参量。
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在phonopy和phono3py的计算过程中会将过程文件和结果文件写入到hdf5的格式文件中以此来方便程序读入和写入phonopy有关的诸多输出量可以通过额外设置获得文本文件并用于数据处理phono3py则不能自主输出文本数据。但是在phono3py介绍网址上有如何读取hdf5文件的说明。
http://phonopy.github.io/phono3py/hdf5_howto.html
本文则以此来介绍读取phono3py计算完晶格热导率后的数据读出。
生成有限位移文件后并通过VASP计算获得力常数fc3.hdf5和fc2.hdf5后进行热导率计算采用11×11×11的网格 phono3py-load --mesh 11 11 11 --br
有关计算结果会被写入到 kappa-m111111.hdf5中首先通过pip安装 ipython pip install ipython
随后打开ipython编辑器 ipython 随后输入In [1]:是ipython的输入提示只需要输入冒号后面的部分就行 In [1]: import h5pyIn [2]: f h5py.File(kappa-m111111.hdf5)In [3]: list(f)
则输出kappa-m111111.hdf5中包含的数据的title Out[3]:[frequency, gamma, group_velocity, gv_by_gv, heat_capacity, kappa, kappa_unit_conversion, mesh, mode_kappa, qpoint, temperature, weight]
获得热导率张量 In [4]: f[kappa].shapeOut[4]: (101, 6)In [5]: f[kappa][:]Out[5]:array([[ 0.00000000e00, 0.00000000e00, 0.00000000e00, 0.00000000e00, 0.00000000e00, 0.00000000e00], [ 2.11702476e05, 2.11702476e05, 2.11702476e05, 6.64531043e-13, 6.92618921e-13, -1.34727352e-12], [ 3.85304024e04, 3.85304024e04, 3.85304024e04, 3.52531412e-13, 3.72706406e-13, -7.07290889e-13], ..., [ 2.95769356e01, 2.95769356e01, 2.95769356e01, 3.01803322e-16, 3.21661793e-16, -6.05271364e-16], [ 2.92709650e01, 2.92709650e01, 2.92709650e01, 2.98674274e-16, 3.18330655e-16, -5.98999091e-16], [ 2.89713297e01, 2.89713297e01, 2.89713297e01, 2.95610215e-16, 3.15068595e-16, -5.92857003e-16]])
获得温度的张量 In [6]: f[temperature][:]Out[6]:array([ 0., 10., 20., 30., 40., 50., 60., 70., 80., 90., 100., 110., 120., 130., 140., 150., 160., 170., 180., 190., 200., 210., 220., 230., 240., 250., 260., 270., 280., 290., 300., 310., 320., 330., 340., 350., 360., 370., 380., 390., 400., 410., 420., 430., 440., 450., 460., 470., 480., 490., 500., 510., 520., 530., 540., 550., 560., 570., 580., 590., 600., 610., 620., 630., 640., 650., 660., 670., 680., 690., 700., 710., 720., 730., 740., 750., 760., 770., 780., 790., 800., 810., 820., 830., 840., 850., 860., 870., 880., 890., 900., 910., 920., 930., 940., 950., 960., 970., 980., 990., 1000.])
获得特定温度热导率和模式热导率需提前定义 In [7]: f[kappa][30]Out[7]:array([ 1.09089896e02, 1.09089896e02, 1.09089896e02, 1.12480528e-15, 1.19318349e-15, -2.25126057e-15])In [8]: f[mode_kappa][30, :, :, :].sum(axis0).sum(axis0) / weight.sum()Out[8]:array([ 1.09089896e02, 1.09089896e02, 1.09089896e02, 1.12480528e-15, 1.19318349e-15, -2.25126057e-15])
计算声子寿命 In [9]: g f[gamma][30]In [10]: import numpy as npIn [11]: g np.where(g 0, g, -1)In [12]: lifetime np.where(g 0, 1.0 / (2 * 2 * np.pi * g), 0)
声子群速和热容等数据处理方式同理。
具体修改请查看h5py使用方法和hdf5格式文件读取以及ipython命令使用方法。
