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Amber 包含大量旨在帮助您进行化学系统计算研究的程序而且发布的工具数量还在定期增加。 本节列出了 AmberTools 包含的主要程序。 这里列出了套件中包含的每个程序并简要介绍了其主要功能同时提供了相关文档参考。 对于大多数程序在不带参数的情况下执行时会打印使用说明。
AddToBox 用于向晶胞中添加溶剂分子的程序。参见第 20.3 小节。 amb2chm_par.py 用于将 AMBER dat 和/或 frcmod 文件转换为 CHARMM PAR 文件的程序。参见第 15.2.4 小节。 amb2chm_psf_crd.py 用于将 AMBER prmtop 和 inpcrd 文件转换为CHARMMPSF 和 CRD 文件的程序。参见第 15.2.4 小节。 amb2gro_top_gro.py 将 AMBER prmtop 和 inpcrd 文件转换为 GROMACS top 和 gro 文件的程序。参见第 15.2.4 小节。 CartHess2FC.py 利用 Seminario 方法根据笛卡尔黑森矩阵推导力常量的程序。参见第 18.2.5 小节。 car_too_files.py 根据 car 文件生成 mol2 和 PDB 文件的程序。 参见第 18.2.8 小节。 ChBox 用于更改 Amber 重启文件方框尺寸的程序。参见第 20.4 小节。 IPMach.py 用于简化离子非键模型参数化的 python 程序。参见第 18.2.2 小节。 MCPB.py 优化工作流程的 MCPB python 版本。见第 18.2.1 小节。 MMPBSA.py 根据 MM/PBSA 近似法对轨迹进行后处理以计算结合自由能的程序。参见第 37 章。 mol2rtf.py 将 mol2 文件转换为 CHARMM RTF 文件的程序。参见第 18.2.9 节。 OptC4.py 优化蛋白质系统金属-位点-复合物中的 C4 项。参见第 18.2.4 小节。 PdbSearcher.py 是 MTK 中 Pdbsearcher 程序的 python 版本。参见第 18.2.3 小节。 PropPDB 传播 PDB 结构的程序。参见第 20.2 小节 ProScrs.py 用于将蛋白质片段切割成簇并封顶的程序。参见第 18.2.7 小节。 UnitCell 从 PDB 结构中重新创建晶体学单元格的程序。参见第 20.1 小节 am1bcc 由 antechamber 调用的程序用于在配体参数化过程中计算 AM1-BCC 电荷。 它可以作为独立程序使用在输入不带参数的程序名时打印选项。参见第 16.3 节 ambpdb 用于将 Amber 系统prmtop 和 inpcrd/restart转换为 PDB、MOL2 或 PQR 文件的程序。参见第 34.1 节 ante-MMPBSA.py 用于为 MMPBSA 创建必要的、自一致的 prmtop 文件的程序只需一个起始拓扑文件。参见第 37.2.2 小节 antechamber 用于配体和其他小分子参数化的程序。参见第 16 章 atomtype 由 antechamber 调用的程序用于判断输入结构中的原子类型。 可作为独立程序使用。参见第 16.3 节 bar_pbsa.py 该程序用于从炼金模拟中准备放电轨迹以进行 BAR/PBSA 结合自由能分析。参见第 39 章 bondtype 一个由 antechamber 调用的程序用于判断给定输入结构中存在哪些类型的化学键。可作为独立程序使用。参见第 16.3 节 ceinutil.py 用于创建恒定氧化还原电势输入cein文件的程序。参见第 27.1 节 cestats 从恒氧化还原电位模拟中计算氧化还原状态统计数据的程序。 参见第 27.6 charmmlipid2amber.py 用于将 CHARMM-GUI 脂质生成器创建的 PDB 转换为 Amber 和 AmberTools 程序可识别的 PDB 的脚本。 cpinutil.py 用于创建恒定 pH 值输入 (cpin) 文件的程序。参见第 26.2 节 cpeinutil.py 用于创建恒定 pH 值和氧化还原电位输入 (cpein) 文件的程序。参见第 27.1 节 cpptraj 用于轨迹后处理和数据分析的通用程序。参见第 35 章 cphstats 一个通过恒定 pH 值模拟计算质子化状态统计数据的程序。参见第 26.7 节 elsize 用于估算给定输入结构的有效静电尺寸的程序。参见第 4.2.1 节 espgen 一个由 antechamber 调用的程序用于在配体或小分子参数化过程中生成 ESP 文件。 espgen.py espgen 的 python 版本。参见第 18.2.6 小节。 finddgref.py 用于自动查找恒定 pH 值和恒定氧化还原电位模拟所需的 Delta G 参考值的程序。参见第 26.5.1 小节 fixremdcouts.py 该程序可对任何复制交换模拟包括 MultiD-REMD的 CPout 和/或 CEout 文件进行排序。见第 25.3.10.4 小节 fitpkaeo.py 该程序可根据多个 CPout 或 CEout 文件的 cphstats 或 cestats 输出自动拟合所有可滴定残基的 pKa 或标准氧化还原电位值。 ffgbsa 一个计算 MM/GBSA 能量的程序是 amberlite 软件包的一部分。 FEW.pl 自由能计算自动化程序。参见第 38 章 gbnsr6 计算基于表面积的广义博恩溶解自由能的程序。参见第 5 节 genremdinputs.py 该程序用于生成任何 Replica Exchange 仿真包括 MultiD-REMD的输入文件mdins、groupfile 和 remd-file。参见第 25.3.3 小节 hcp_getpdb 用于向拓扑文件 (prmtop) 添加必要部分的程序以便用于 HCP GB 近似计算。参见第 42.6 节 makeANG_RST 用于创建角度约束的程序可与 sander 的 nmropt1 工具配合使用。 makeCHIR_RST 一个创建手性约束文件的程序与 sander 的 nmropt1 设备一起使用 makeDIP_RST.cyana 根据 CYANA 中的偶极子信息制作限制文件的程序与 sander 的 nmropt1 设备一起使用。 makeDIST_RST 一个利用 sander 的 nmropt1 设备制作距离约束的程序。 mdgx 一种显式溶剂 PME 分子动力学引擎。参见第 17 章 mdout_analyzer.py 用于快速分析和绘制 sander/pmemd 输出文件数据的脚本。参见第 34 节 metalpdb2mol2.py 用于将金属离子的 PDB 文件转换为 mol2 文件的脚本特别适用于 MCPB.py 建模。参见第 18.2.10 小节 mm_pbsa.pl 用于执行 MM/PBSA 计算的较旧 perl 脚本。建议新用户改用 MMPBSA.py。 mm_pbsa_statistics.pl mm_pbsa.pl 的补充脚本用于根据已完成的 mm_pbsa 计算结果计算 MM/PBSA 统计量。 mm_pbsa_nabnmode 用于通过 mm_pbsa.pl 对生物分子进行最小化和常模分析的程序。 mmpbsa_py_energy 这是一个 NAB 程序用于使用 GB 或 PB 溶剂模型计算 MMPBSA 的能量。 它可以作为一个独立程序使用模仿 sander 的 imin5 功能但会在 MMPBSA 内部自动调用。请参阅 MMPBSA mdin 文件作为该程序的示例输入文件。提供 -help 或 -hflags 会显示使用信息。 mmpbsa_py_nabnmode ANAB 程序用于计算 MMPBSA 的正常模式熵贡献。该程序实际上只能用于 MMPBSA。 molsurf 根据输入的 PQR 文件和探针半径计算分子表面积的程序。 nab 核酸生成器。NAB 实际上是一种编译器它提供了一种松散地基于 C 的便捷分子编程语言。 nfe-umbrella-slice 处理 NFE 模块中产生的偏置电位的程序。参见第 25.4.8 小节 nmode 一个过时的程序用于计算生物分子的法线模式。 我们鼓励您改用 NAB。参见第 42.2 节 packmol-memgen 用于生成膜模拟系统的工作流程。参见 13.6 mdgx 通过拟合量子数据改进力场参数。见第 17 章 parmchk2 分析输入力场库文件mol2 或 amber prep并将相关参数提取到 frcmod 文件中的程序。参见第 16.1.2 小节 parmed 用于查询和处理 prmtop 文件的程序。见第 15.2 节 pbsa 用于计算静电和非静电连续溶解自由能的程序。参见第 6 pbsa.cuda pbsa 的 GPU 加速版本。参见第 6 章 pdb4amber 用于准备 PDB 文件供 LEaP 使用的程序。参见第 13.4 节 pmemd 一个性能和并行优化的动力学引擎实现了 sander 功能的一个子集 pmemd.cuda pmemd 的 GPU 加速版本 prepgen 作为技术中心的一部分用于生成 Amber 预处理文件。参见第 16.3 节 py_resp.py 一个 Python 程序扩展了祖先程序 resp 的功能。 参见第 19 章 pyresp_gen.py 自动为 py_resp.py 生成输入文件的 Python 程序。参见第 19.1 节 pytraj 绑定到 cpptraj 的 Python 程序。参见第 36 节 quik GPU 加速的 abinitio 量子化学软件。参见第 9 章 reduce 一个在 PDB 中添加或删除氢原子的程序。参见第 13.5 节 residuegen 自动生成琥珀残基模板即琥珀预处理文件的程序。 参见 第 16.4.3 小节 respgen 由 antechamber 调用的程序用于生成 RESP 输入文件。参见第 16.3 节 rism1d 1D-RISM 求解器。参见第 7.4 节 rism3d.snglpnt 用于单点计算的 3D-RISM 求解器。参见第 7.6 节 **sander**用于运行 Amber 分子模拟的主要引擎。最初是 Simulated Annealing with Nmr-Derived Energy Restraints 的缩写。 saxs_rism 根据 3D-RISM 输出计算小广角 X 射线散射曲线的程序 saxs_md 根据 MD 轨迹计算小广角 X 射线散射曲线的程序 sqm 半经验或独立量子力学求解器。参见第 8 章 tleap 使用特定设置命令行参数调用 teLeap 的脚本。参见第 14 章 xleap: 使用特定设置命令行参数调用 xaLeap 的脚本。参见第 14 章 xparmed ParmEd 功能的图形前端即参数文件编辑和查询。 参见第15.2
