佛山市建设官方网站,公众号怎么开通留言功能,企业做网站好处,wordpress定时器1、下载
https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast/LATEST/2、解压#xff0c;配置环境变量
tar zvxf ncbi-blast-2.14.1-x64-linux.tar.gz解压后改名为 blast 配置环境变量#xff0c;可以不配置 使用的时候直接绝对路径使用
vim ~/.bashrc 将下面添加道最…1、下载
https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast/LATEST/2、解压配置环境变量
tar zvxf ncbi-blast-2.14.1-x64-linux.tar.gz解压后改名为 blast 配置环境变量可以不配置 使用的时候直接绝对路径使用
vim ~/.bashrc 将下面添加道最后, dir 是解压文件所在的绝对路径export BLAST_HOME/dir/blast
export PATH$PATH:/dir/blast/bin使配置生效source ~/.bashrc测试安装结果blastn -version 如果显示版本信息则说明可正常使用 3、创建数据库 在/dir/blast 下创建文件夹 db/mydb 用来存放不同的数据库
构建数据库initdb.fasta 是用来构建数据库的源文件 #绝对路径调用直接使用makeblastdb调用可能出现找不到命令的问题可能是环境变量没有配置好/dir/blast/bin/makeblastdb -in /dir/blast/db/mydb/initdb.fasta -dbtype prot
结果 4、测试搜索 test.fasta 是测试序列文件 #采用绝对路径调用#结果输出到终端/dir/blast/bin/blastp -query /dir/blast/output/test.fasta -db /dir/blast/db/mydb/initdb.fasta -outfmt 6#结果输出到文件/dir/blast/bin/blastp -query /dir/blast/output/test.fasta -db /dir/blast/db/mydb/initdb.fasta -outfmt 6 -out /dir/blast/output/test
结果 5.在php中调用
