做网站经常用的术语,开发一个app需要多少钱,潍坊建站程序,网站版面设计8. 基础知识
此部分描述了如何使用 LAMMPS 为用户和开发人员执行各种任务。术语表页面还列出了 MD 术语#xff0c;以及相应 LAMMPS 手册页的链接。 LAMMPS 源代码分发的 examples 目录中包含的示例输入脚本以及示例脚本页面上突出显示的示例输入脚本还展示了如何设置和运行各… 8. 基础知识
此部分描述了如何使用 LAMMPS 为用户和开发人员执行各种任务。术语表页面还列出了 MD 术语以及相应 LAMMPS 手册页的链接。 LAMMPS 源代码分发的 examples 目录中包含的示例输入脚本以及示例脚本页面上突出显示的示例输入脚本还展示了如何设置和运行各种模拟。
8.1.通用基础知识
8.2. 设置入门
8.3. 分析入门
8.4. 力场入门
8.5. 软件包入门
8.6.操作教程
8.6.1.将 CMake 与 LAMMPS 结合使用
8.6.2. LAMMPS GitHub 教程
作者:Stefan Paquay 本文档描述了如何使用 GitHub 将您对 LAMMPS 所做的更改或添加集成到官方 LAMMPS 发行版中的过程。它使用更新本教程的过程作为示例来描述各个步骤和选项。您需要熟悉 git并且您可能需要查看 git 书籍来熟悉下面使用的一些更高级的 git 功能。截至 2016 年秋季通过 GitHub 上的拉取请求向 LAMMPS 提交贡献是将贡献的功能或改进集成到 LAMMPS 的首选选项因为它显着减少了 LAMMPS 开发人员所需的工作量。因此创建拉取请求将增加您的贡献被包含在内的机会并减少集成完成之前的时间。有关将代码包含到 LAMMPS 中的要求的更多信息请参阅此页面。 Making an account 开设账户
First of all, you need a GitHub account. This is fairly simple, just go to GitHub and create an account by clicking the “Sign up for GitHub” button. Once your account is created, you can sign in by clicking the button in the top left and filling in your username or e-mail address and password. 首先你需要一个 GitHub 帐户。这非常简单只需转到 GitHub 并单击“注册 GitHub”按钮创建一个帐户即可。创建帐户后您可以通过单击左上角的按钮并填写您的用户名或电子邮件地址和密码来登录。 Forking 存储库要对 LAMMPS 进行更改您需要首先在 GitHub 上fork lammps/lammps 存储库。在撰写本文时develop 是首选目标分支。因此转到 GitHub 上的 LAMMPS 并确保分支设置为“develop”如下图所示。 如果不是请使用 按钮将其更改为开发。一旦完成请使用fork按钮创建分支。 这将在您自己的 GitHub 帐户下创建 LAMMPS 存储库的一个分支本质上是一个副本但使用较少的资源。您可以在此分叉和稍后的文件拉取请求中进行更改以允许上游存储库将您自己的分叉中的更改合并到我们刚刚分叉的分叉或从同一存储库分叉的其他分叉中。同时您可以进行设置以便将上游的更改包含到您的存储库中从而使其与正在进行的 LAMMPS 开发保持同步。 将更改添加到您自己的分支中
LAMMPS 上游版本的添加是使用功能分支来处理的。对于每一个新功能都会创建一个所谓的功能分支其中仅包含与一个特定功能相关的修改。例如添加单个修复将包括创建一个仅包含修复头和源文件而没有其他内容的分支。这里有更详细的解释 feature branch workflow。
特色分支
首先通过 HTTPS 在本地计算机上创建 GitHub 上版本的克隆
git clone https://github.com/your user name/lammps.git some name
或者如果您已设置 GitHub 帐户以使用 SSH 密钥则通过 SSH
git clone gitgithub.com:your user name/lammps.git
您可以通过单击“克隆或下载”按钮找到正确的 URL 上面的命令将 git 存储库复制“克隆”到本地计算机上具有您选择的名称的目录。如果没有给出它将默认为“lammps”。典型的名称是“mylammps”或类似的名称。
您可以使用此本地克隆进行更改并测试它们而不会干扰 GitHub 上的存储库。
要将更改从上游拉取到此副本中您可以转到该目录并使用 git pull
cd mylammps
git checkout develop
git pull https://github.com/lammps/lammps develop
您还可以将此 URL 添加为远程
git remote add upstream https://www.github.com/lammps/lammps
从那时起您可以使用以下命令更新上游分支
git fetch upstream
然后使用upstream/develop或upstream/release等引用上游存储库分支。
此时您通常会从更新的分支中为您想要使用的功能创建一个功能分支。本教程包含更新本教程的工作流程因此我们将分支称为“github-tutorial-update”
git fetch upstream
git checkout -b github-tutorial-update upstream/develop
现在我们已经更改了分支我们可以对本地存储库进行更改。请记住如果您想开始研究另一个不相关的功能您应该切换分支
注强烈建议不要对开发、发布或稳定分支进行更改。虽然一开始可能很方便但从长远来看它会带来更多的工作。有关使用 git 的各种文本和教程有效地讨论了使用功能分支的动机。
进行更改后
一切完成后将文件添加到分支并提交
git add doc/src/Howto_github.txt
git add doc/src/JPG/tutorial*.png
警告不要使用 git commit -a 或 git add -A。 -a 标志或 -A 标志将自动包含所有修改过的文件和新文件但这很少是您想要的行为。它很容易导致意外地将不相关和不需要的更改添加到存储库中。相反最好分别显式使用 git add、git rm、git mv 来添加、删除、重命名单个文件然后使用 git commit 来完成提交。在提交之前请使用 git status 仔细检查所有待处理的更改。如果您发现在命令行上执行此操作太乏味请考虑使用 GUI例如用 Tk 编写的 git 发行版中包含的 GUI即使用 git gui在某些 Linux 发行版上可能需要安装额外的软件包才能使用它。
添加所有文件后可以提交更改集并附带一些解释更改的有用消息。
git commit -m Finally updated the GitHub tutorial
提交后可以将更改推送到 GitHub 上的同一分支
git push
如果您尚未配置任何内容Git 会询问您在 GitHub 上的用户名和密码。如果您的本地分支尚未出现在 GitHub 上它会要求您通过运行来添加它 git push --set-upstream origin github-tutorial-update 如果您正确输入用户名和密码则功能分支应添加到 GitHub 上的分支中。 如果您想真正确保推送到正确的存储库这是很好的做法您可以明确提供它 git push origin 或使用明确的 URL git push gitgithub.com:Pakketeretet2/lammps.git 提交拉取请求 到目前为止本教程中的所有更改均针对您的 LAMMPS 克隆。然而最终您希望将此功能包含到官方 LAMMPS 版本中。为此您需要通过单击“新拉取请求”按钮来提交拉取请求 确保当前分支设置为正确的分支在本例中为“github-tutorial-update”。如果操作正确您将看到的唯一更改是在此分支上所做的更改。 这将打开一个新窗口其中列出对存储库所做的更改。如果您只是添加新文件则无需执行太多操作但我认为如果现有文件发生更改则应在此处解决合并冲突。如果所有更改都可以自动合并顶部的绿色文本会说明这一点您可以单击“创建拉取请求”按钮请参阅图片。 在创建拉取请求之前请确保短标题准确并添加包含有关拉取请求的详细信息的评论。您可以在此处写下您的修改的作用以及为什么应将它们合并到上游。 请注意“允许维护者编辑”复选框。默认情况下此复选框处于选中状态尽管在我的 Firefox 版本中只有复选标记可见 如果选中维护人员可以立即将自己的编辑添加到拉取请求中。这有助于显着地包含您的分支因为 LAMMPS 维护者可以将简单/琐碎的更改直接添加到您的拉取请求分支中。另一种选择是他们对自己的分支版本进行更改并向您提交反向拉取请求。除非您有充分的理由不这样做否则只需选中此框即可。 现在只需写一些好的评论然后单击“创建拉取请求”。 提交拉取请求后 注当您第一次提交拉取请求或请求拉取请求时您将收到成为 LAMMPS 项目合作者的邀请。请接受此邀请因为成为协作者将简化某些管理任务并且可能还会加快您的功能的合并速度。 您会注意到提交拉取请求后会自动执行一些检查 如果一切顺利您将看到以下内容 如果任何检查失败您的拉取请求将不会被处理因为您的更改可能会破坏某些配置的编译或者可能无法干净地合并。您有责任消除测试失败的原因。如果您需要这方面的帮助请通过添加注释来联系 LAMMPS 开发人员解释您在解决失败测试时遇到的问题。 在拉取请求被包含之前可能会发生一些更有趣的事情。 额外的变化 首先您推送到存储库分支中的任何其他更改都将自动成为拉取请求的一部分 这意味着您可以在提交拉取请求后添加应该成为该功能一部分的更改这在您忘记它们的情况下很有用或者如果开发人员要求在该功能被官方接受之前需要更改某些内容LAMMPS 版本。每次推送后都会再次运行自动检查。 标签LAMMPS 开发人员可能会向您的拉取请求添加标签以将其分配到类别主要用于簿记目的但其中一些很重要needs_work、work_in_progress、run_tests、test_for_regression 和ready_for_merge。前两个表明您的拉取请求不被认为是完整的。对于“needs_work”负担完全由您承担而“work_in_progress”也可能意味着 LAMMPS 开发人员可能想要添加更改。请注意拉取请求的评论。两个“测试”标签用于在合并代码之前触发扩展测试。如果 LAMMPS 开发人员怀疑您的更改可能会产生一些微妙的副作用有时会这样做。默认情况下不会这样做因为这些测试非常耗时。当分配给拉取请求的 LAMMPS 开发人员认为该请求已完成并触发最终的完整测试评估时通常会附加 ready_for_merge 标签。 审查 截至 2021 年秋季拉取请求需要通过所有自动测试以及至少 1 次来自具有存储库写入权限的 LAMMPS 开发人员的批准审查然后才有资格进行合并。如果您的更改涉及与某些开发人员相关的代码GitHub 软件会自动请求这些更改。这些关联是在文件 .github/CODEOWNERS 中设置的因此如果您希望在任何人更改文件或包时自动通知您进行审查您已为 LAMMPS 做出了贡献您可以向该文件添加合适的模式或者 LAMMPS 开发人员可以添加你。 Otherwise, you can also manually request reviews from specific developers, or LAMMPS developers - in their assessment of your pull request - may determine who else should be reviewing your contribution and add that person. Through reviews, LAMMPS developers also may request specific changes from you. If those are not addressed, your pull requests cannot be merged. 否则您还可以手动请求特定开发人员或 LAMMPS 开发人员的审核 - 在评估您的拉取请求时 - 可能会确定还有谁应该审核您的贡献并添加该人员。通过审核LAMMPS 开发人员还可能要求您进行特定更改。如果这些问题没有得到解决您的拉取请求将无法合并。 受让人 拉取请求有一个受让人属性。如果请求尚未经过任何开发人员审核则不会将其分配给任何人。修订后开发人员可以选择将其分配给 a) 您、b) LAMMPS 开发人员包括他/她自己或 c) Axel Kohlmeyer (akohlmey)。 如果您需要进行更改则会出现情况 a) 情况 b) 意味着目前 LAMMPS 开发人员正在对其进行测试和审查预计需要进行一些更改。审核后开发人员可以选择直接实施更改或建议您实施更改。 情况 c) 意味着拉取请求已分配给开发人员负责监督拉取请求合并到开发分支中。 在本例中Axel 将教程分配给了 Steve LAMMPS 维护者的编辑 如果您允许维护者进行编辑默认则任何 LAMMPS 维护者都可以向您的拉取请求添加更改。在这种情况下Axel 和 Richard 都对教程进行了更改 反向拉取请求 然而有时您可能会觉得让其他人将更改推送到您自己的分支中感到不舒服或者维护者可能不确定他们的想法是否正确。在这种情况下他们可以进行更改将您重新分配为受让人并提交“反向拉取请求”即在您分叉的 GitHub 存储库中提交拉取请求以包含您作为拉取请求提交的分支中的更改你自己。在这种情况下您可以选择将他们的更改合并回您的分支可能会进行其他更改或更正然后从那里继续。它看起来像这样 由于某种原因突出显示的按钮在我的情况下不起作用但我可以转到我自己的存储库并从那里合并拉取请求 请务必通过单击选项卡按钮检查更改以查看您是否同意它们 在本例中大部分是标记的更改以及 Axel 对“git gui”和“git add”命令的解释的简短重写。 因为我们可以接受这些更改所以我们将通过单击“合并拉取请求”来合并。合并后看起来像这样 现在由于同时我们的教程本地文本也发生了变化我们需要将 Axel 的更改拉回到我们的分支中并将它们合并 git add Howto_github.txt
git add JPG/tutorial_reverse_pull_request*.png
git commit -m Updated text and images on reverse pull requests
git pull 在这种情况下合并很轻松因为 git 可以自动合并 随着 Axel 的更改合并以及一些最终文本更新我们的功能分支现在就我们而言是完美的因此我们将再次提交并推送 git add Howto_github.txt
git add JPG/tutorial_reverse_pull_request6.png
git commit -m Merged Axels suggestions and updated text
git push gitgithub.com:Pakketeretet2/lammps 此合并也显示在 lampmps GitHub 页面上 合并后 当一切正常后feature分支被合并到develop分支 现在还有一个问题如何处理合并到上游的功能分支 原则上从您自己的分叉中删除它们是安全的。这有助于保持它更加整洁。请注意您首先必须切换到另一个分支 git checkout develop
git pull https://github.com/lammps/lammps develop
git branch -d github-tutorial-update 如果你不先拉取这并不是真正的问题但 git 会在下一条语句中警告你你正在删除一个尚未完全合并到 HEAD 的本地分支。这是因为 git 还不知道你的分支刚刚合并到 LAMMPS 上游。如果您先删除然后拉取一切都应该没问题。您可以通过以下方式显示完全合并的所有分支 最后如果您在本地删除分支您可能还想将其推送到远程 git push origin :github-tutorial-update 工作流程的最新变化 本教程未包含最近对工作流程的一些更改。例如除了所有新功能都要提交到的develop分支之外还有release、stable和maintenance分支发布分支作为“功能发布”的一部分从开发分支更新而稳定与发布分支在“稳定版本”发布时从开发更新。在稳定版本之间选定的错误修复和基础设施更新会从开发分支向后移植到维护分支并且偶尔会作为更新版本合并到稳定版本。 此外版本标签的命名现在遵循“patch_日月年”模式以简化版本之间的比较。对于稳定版本应用附加的“stable_DayMonthYear”标签更新版本标有“stable_DayMonthYear_updateNumber”最后所有版本和提交均受约束自动测试和代码检查以确保它们可以使用各种编译器和流行的操作系统进行编译。还应用了一些单元和回归测试。 LAMMPS 开发人员 GitHub 工作流程的详细讨论可以在文件 doc/github-development-workflow.md 中找到
