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今天分享的内容是自己遇到问题后#xff0c;咨询社群里面的同学#xff0c;帮忙解决的总结。
关于Cytoscape#xff0c;对于做组学或生物信息学的同学基本是陌生的#xff0c;可能有的同学用这个软件作图是非常溜的#xff0c;做出来的网络图也是十分的好看咨询社群里面的同学帮忙解决的总结。
关于Cytoscape对于做组学或生物信息学的同学基本是陌生的可能有的同学用这个软件作图是非常溜的做出来的网络图也是十分的好看“可玩性”很高就像前面分享的aPEAR包一样aPEAR包绘制功能富集网络图。自己在前面写论文的时候也是一直在使用以前使用的版本是3.3.0的版本。但是时间一长很多操作都忘记。今天在自己的台式机上使用Cytoscape软件想要安装插件但是发现3.3.0这个版本安装不了。随后在社群咨询各位同学也给出目前各自正常使用的版本。我们也就此机会记录一下分享一下。 注意考虑到Cytoscape安装包下载需要开梯子我们这里已经下载好了对应的包大家可以回复关键词获得链接。 后台回复关键词20231129或Cytoscape即可获得下载链接 一、Cytoscape下载网址
https://cytoscape.org/
下载最新版本 由于最新版本有同学反应无法下载插件我们在这里就不安装最新的版本。下载 Old Version 下载对应的版本 我们在这里一共下载了3.8.0-3.9.1的版本. 4.下载对应的版本
注意考虑到Cytoscape安装包下载需要开梯子我们这里已经下载好了对应的包大家可以回复关键词获得链接。
二、安装软件
点击安装包 下载JAVA若你没下载Java可点击直接下载。PS自己开了VPN后下载速度还是很快的 依次点击Netx进行安装 安装位置任何软件不建议安装在C盘 安装成功
三、安装插件
打开Cytoscape软件 点击Apps-App manager 目前Cytoscape中总的有252个插件搜索自己需要安装的插件名称 点击安装 安装结束后可以在Apps进行管理和查看
PS若你开了梯子下载速度会更快些不开也不影响只是速度相对慢一点而已。 插件操作学习
对于初学者我们这里借用SCIPainter(基迪奥)中莫北老师的教程进行操作对于初学者很是的友好.网络图分析工具Cytoscape快速上手
导入数据 2. 调整 3 导出数据
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