广告营销网站,网站开发和设计如何合作,网站前端是做网站吗,建设网站必须要服务器吗学无止境。 下面是对去年11月至今年5月的零散知识点总结。 春节期间好好放松了一两个月#xff0c;来校后又懒散的度过了一两个月#xff0c;直到论文评审意见下来#xff0c;才开启冲刺模式狂干了一两个月。总的来说#xff0c;这半年来摸的时间比较多。好#xff0c;不废…学无止境。 下面是对去年11月至今年5月的零散知识点总结。 春节期间好好放松了一两个月来校后又懒散的度过了一两个月直到论文评审意见下来才开启冲刺模式狂干了一两个月。总的来说这半年来摸的时间比较多。好不废话了开始。 文章目录 python 强化继承设计模式args, kwargs装饰器异步 I/Oviztracer注释中 noqa 含意dpdispatcher 大坑获取文件大小热图matplotlib控制图例的列数画出空心圆 python 项目管理pip 安装报错pip showpip 项目搭建release please tag版本conda clonepyinstaller C语言编译过程zlibcygwingcc flag-O flag-m flag 单引号和双引号vscodecmake Linux权限软链接 || 区别linux 命令格式 论文撰写 Latex英文论文查重图片增强 灵感来源模板latex 编译报错latex引用特殊符号输入vscode 中 latex workshop 很实用的功能表格和图片的标题居中乱码包中文英文 xjtu thesisJ/OL 化学rdkit自旋和未配对电子数波函数中各个量子数KS方程的误差阴阳极Daltongaussian install 快捷键read the docssphinxmyst_parser文档中图片不居中的问题 markdownnote 模块分页图片居中调整大小 python 强化
继承
https://zhuanlan.zhihu.com/p/459504171 python 的多类继承 省流版本
python 中一个类可以同时继承多个父类当同一方法同时出现在两个父类中时调用该方法按照继承时从左向右的顺序遍历。当存在多级继承时遍历顺序为深度优先。如果多级继承叠加了共同的根节点特别复杂时使用.mro()得出遍历路径
设计模式
https://www.jb51.net/article/217067.htm python 中实现依赖倒置原则受益匪浅 https://blog.csdn.net/frank_haha/article/details/127949025?spm1001.2014.3001.5501 python视角下的6大程序设计原则 5种方法实现设计模式中的单例模式 http://www.coolpython.net/informal_essay/20-09/five-methods-to-achieve-singleton.html 清晰简洁暂存
args, kwargs
https://zhuanlan.zhihu.com/p/50804195 Python中使用 *args 和 **kwargs 来隐式传递参数 *args 以元组的形式传递参数列表注意元组中的顺序是固定的 **kwargs 以字典形式传递参数键对应参数名键值对应参数值 *args 只能在 **kwargs 前面按顺序 assign 值**kwargs 按字典 assign 值
装饰器
https://www.runoob.com/w3cnote/python-func-decorators.html 一篇关于 python 装饰器非常全面的报道 http://c.biancheng.net/view/4561.html Python 中使用 property 可以将一个方法变为类的属性方法返回值即为属性值 值得注意的是该属性处于只读模式无法通过重新赋值修改。还可以通过修改方法返回值修改这种情况可以通过改进装饰器至 lazy_property 来实现 除非加上新的装饰器——setter 此外该属性的删除可以用 deleter 实现
异步 I/O
python 使用 asyncio 实现 异步 I/O适合 I/O 密集型任务链接https://zhuanlan.zhihu.com/p/59621713
viztracer
使用 viztracer 能够轻松分析 Python 中的函数调用关系其中 vizviewer 提供了一键式可视化服务这对高并发任务的分析调试很有帮助链接https://www.bilibili.com/video/BV1d34y1C78W?p1vd_source4a5ba2714e3b8655fcf531740196c200
注释中 noqa 含意
https://blog.csdn.net/xiaodongxiexie/article/details/80970336 Python 注释中 noqa 的含义no quality assurance
dpdispatcher 大坑
对于torque集群 管理节点向其他节点提交任务时需要有一个pbs的命令 #PBS -l nodesnode03:ppn24 中间的’node03’对应number_node关键词
此外在local context下‘remote_profile’: None不是其他
获取文件大小
https://www.cnblogs.com/hider/p/15261801.html os.path.getsize() 获取文件大小 os.stat().st_size 也可以
热图
使用pandasseabornmatplotlib绘制相关性矩阵热图 https://itslinuxfoss.com/how-to-create-a-correlation-matrix-using-pandas
matplotlib
控制图例的列数
https://stackoverflow.com/questions/73836503/in-matplotlib-legend-how-to-define-number-of-columns-in-horizontal-legend-ncol 随手记 matplotlib 在绘制图例时使用函数 legend 在 matplotlib 3.6.0 版本以前可以通过参数 ncols 去控制图例的栏数 在2022年九月份更新的 3.6.0 版本以后这个参数修改成了 ncol 省流新版本中ncols参数变成了ncol
画出空心圆
scatter , c‘none’ https://blog.csdn.net/cfjcyc0301/article/details/109066555
python 项目管理
pip 安装报错
LookupError: setuptools-scm was unable to detect version for H:\fullnet\fullnet-main\fullnet-main.
Make sure you’re either building from a fully intact git repository or PyPI tarballs. Most other sources (such as GitHub’s tarballs, a git checkout without the .git folder) don’t contain the necessary metadata and will not work.
For example, if you’re using pip, instead of https://github.com/user/proj/archive/master.zip use githttps://github.com/user/proj.git#eggproj
一种可能的报错原因是本来是一个github项目没有git clone到本地而是直接打包到了本地再直接安装。解决方法是git clone到本地再用 python setup.py install 安装
pip show
https://blog.csdn.net/sinat_29158315/article/details/81813556 如果你的环境中同一个包安装了多次而你又不知道正在使用的是哪一个那么一个很简单的方法是用 pip show package 即可查看正在使用包的位置
pip 项目搭建 setup.py 和 setup.cfg 后者是前者的简易形式。主要内容存放在后者前者只是个壳。 这两个文件是在 python setup.py install 这样的命令下使用的 不涉及pip setup.cfg 的官方教程 https://setuptools.pypa.io/en/latest/userguide/declarative_config.html pyproject.toml 该文件是近几年引入的更完善的包管理机制 如果你使用pip例如你需要向pypi发布包在github的自动化工作流里按照pyproject.toml进行项目安装。或者下载完源码后使用 pip install . 命令安装。 这两种情况下 pyproject.toml override setup.cfg https://setuptools.pypa.io/en/latest/userguide/pyproject_config.html 事实上很多人在讨论两个配置文件功能一致能否只保留 pyproject.toml
我认为为了能同时使用pip和python setup.py命令安装我们需要整理 setup.cfg 和 pyproject.toml 两个文件。这并不矛盾。每个配置文件都有其适用的场景。
注意如果你使用了setuptools_scm。默认情况下pypi 的 source distribution 是项目里的所有文件。为了能在发布时跳过一些文件我们可以在根目录上添加MANIFEST.in这会override setuptools_scm https://packaging.python.org/en/latest/guides/using-manifest-in/
release please tag版本
github release please 修改tag版本
事先用命令行push上一个版本号再从本地push可以用github desktop上要修改的东西 https://www.conventionalcommits.org/en/v1.0.0/#summary git commit 要遵循特定的格式如上
如果不是第一次的话后续会自动进行版本更新
conda clone
使用 conda 克隆已有的仓库
conda create -n auto10 --clone torch1.10-cu102-py38删除旧环境
conda remove -n conda-old --all pyinstaller
使用 pyinstaller 能够将一个 python 项目打包成一个可执行文件 https://blog.csdn.net/m0_48692571/article/details/107020772
C语言
编译过程
https://zhuanlan.zhihu.com/p/371323950 https://blog.csdn.net/Utotao/article/details/95755916 c语言编译过程及工程下的.c文件.h文件.o文件.so文件.a文件 https://blog.csdn.net/weixin_46919419/article/details/112550651 一个 .c 文件是一个编译单元编译器每次编译只能处理一个编译单元 最后再把编译好的文件链接起来
zlib
C 程序中使用 zlib 步骤 下载源文件 https://zlib.net/ 解压缩 编译 创建 libz.a 软链接到目标库 目标库编译 命令行执行目标时加上输出 xxx.gz 输出的是 gzip 格式的压缩文件 使用 gzip 进行解压 gzip -dv xxx.gz
https://www.runoob.com/linux/linux-comm-gzip.html linux gzip命令教程对应格式为 .gz
cygwin
https://blog.51cto.com/u_15244533/2845242 使用 cygwin 能够在 win 下创建一个UNIX环境并编译C文件
gcc flag
-O flag
gcc -O3 gcc 在编译过程中对代码进行优化使其运行速度更快。 gcc 深不见底类似的功能还有 -O2适合生产的, -Os代码体积更小的 等等 https://www.linuxtopia.org/online_books/an_introduction_to_gcc/gccintro_49.html#:~:textIt%20is%20the%20default%20optimization,levels%20%2DO2%20and%20%2DO1%20. https://stackoverflow.com/questions/11546075/is-optimisation-level-o3-dangerous-in-g
https://stackoverflow.com/questions/3399821/gcc-o4-optimization-flag -O4 optimization 应该是和 -O3 一样的可以通过 gcc -c -Q -O3 --helpoptimizers | grep enabled 查询
-m flag
gcc 使用 -marchnative -mtunenative 来针对个人电脑平台对代码进行自动化优化。 “-marchnative” 告诉 gcc 本机CPU的型号 “-mtunenative” 告诉 gcc 根据CPU型号进行代码优化 虽然二包含了一但最好还是二者同时出现相关讨论可见这篇很详细的博客↓ https://lemire.me/blog/2018/07/25/it-is-more-complicated-than-i-thought-mtune-march-in-gcc/ 官方文档↓ https://gcc.gnu.org/onlinedocs/gcc/x86-Options.html#:~:textUsing%20%2Dmarch%3Dnative%20enables%20all,CPU%20with%2064%2Dbit%20extensions.
但是这个 flag 对生产有一定的风险因为程序性能无法在不同平台上做到统一 https://stackoverflow.com/questions/52653025/why-is-march-native-used-so-rarely
单引号和双引号
https://blog.csdn.net/u013541620/article/details/43172891 随手记 C语言的单引号和双引号是不同的 单引号引起是的字符 双引号是字符串
vscode
https://zhuanlan.zhihu.com/p/77074009 https://zhuanlan.zhihu.com/p/85273055?utm_campaignshareopnutm_mediumsocialutm_oi64477496082432utm_psn1579616044616003585utm_sourcewechat_session 使用 vs code 配置 c/c 环境
cmake
https://www.jetbrains.com/help/clion/quick-cmake-tutorial.html#new-project 学习 cmake 的 clion 教程 https://blog.csdn.net/weixin_42660446/article/details/119650036 cmake 没有生成 Makefile。原因是选错了编译器。 https://www.jianshu.com/p/07acea4e86a3 Cmake命令之add_subdirectory介绍 使用 add_subdirectory 可以编译子目录子目录的 Makefile 和主目录一致。
Linux
权限
https://blog.csdn.net/zhangvalue/article/details/84979635 linux 给文件或文件夹加权限 chmod 777 xxx 开放所有权限 chmod ax xxx 给所有人可执行权限 https://blog.csdn.net/u012106306/article/details/80436911 可执行文件的颜色是绿色的 https://www.cnblogs.com/tonyauto/p/8085551.html chmod x 和 chmod ux的区别chmod x somefile 和 chmod ax somefile 是一样的 给文件所有者添加可执行权限chmod ux 文件名
软链接
https://www.cnblogs.com/sueyyyy/p/10985443.html linux 创建软链接 ln -s 源文件或原文件夹文件夹 目标文件或目标文件夹 || 区别
https://www.cnblogs.com/lizhouwei/p/9991635.html Linux中分号、和||的区别 分号命令之间没有联系顺序执行 命令1正确执行命令2才会执行否则命令2不会执行 ||命令1错误执行命令2才执行。 此外还有管道命令 | 命令 1 的输出是命令 2 的输入
linux 命令格式
command [option] [arguments]
论文撰写 Latex
英文论文查重
crosscheck 和 turnitin 只要是自己写的没必要查重
图片增强 灵感来源
https://github.com/xinntao/Real-ESRGAN 使用 Real-ESRGAN 可以进行图片增强等
https://blog.csdn.net/frank_haha/article/details/127913618?spm1001.2014.3001.5502 高质量科研绘图工作流博客
https://github.com/xinntao/HandyFigure HandyFigure 提供了众多论文插图的PPT原件方便个人使用
模板
acs 的 SI 如果使用 acs 的模板\documentclass[manuscriptarticle]{achemso}不会出现目录页 一种解决方案是从 模板网站 https://www.latextemplates.com/ 里挑选一个 需要注意的是参考文献需要设成 acs 格式。 \bibliographystyle{achemso} \bibliography{ref.bib} 但是这样没有参考文献的序号。 解决方案是调整 natbib 包的设置 \usepackage[numbers,super]{natbib}
latex 编译报错
https://blog.csdn.net/qq_38522564/article/details/128630936 编译bibtex时报错“I couldn’t open file name xxxx.aux’.” 原因是我们通常需要 pdflatex - bibtex - pdflatex2 或者中文的情况 xelatex - bibtex - xelatex2 这一过程中每编译一次会删掉编译过程中的中间文件而 .aux 文件就很可能在此时被删掉。 解决方法就是找到设置搜索aux进入 Clean: File Types 选项删掉 .aux 文件即可
latex引用
最好是引用相对路径 https://blog.csdn.net/OOFFrankDura/article/details/91345321
特殊符号输入
大部分是加 \ 形成转义字符 https://blog.csdn.net/m0_37149062/article/details/108240050 latex 特殊符号输入
vscode 中 latex workshop 很实用的功能
在miscellaneous目录下 open citation browser 可以打开文件关联的参考文献文件 reveal output folder 可以打开编译输出文件所在的目录
count words可以查询文件中有效字数 ( 并非实时的编辑后需要保存才能查 ) 注意 latex workshop中查字数的功能其实也是调用的texcount texcount详细功能参照https://www.ctan.org/pkg/texcount
表格和图片的标题居中
latex 中使用 \usepackage[justificationcentering]{caption}
乱码包
中文
latex 一个非常有意思的包: zhlipsum 链接https://ctan.org/pkg/zhlipsum 这个包支持随机生成中文乱码常用来测试排版效果。 常用使用命令是 \zhlipsum[⟨段落⟩][⟨选项⟩] 选项可以选择乱文的来源在encodingutf8 时默认使用namesimp的乱文。这些乱文是提前准备好的所以选项这个空可以不用管。 下面就是指定乱文所在的段落。 比如\zhlipsum[2,5] 指原文提前设计好的的第 2 和 5 段 \zhlipsum[1] 指原文第1段
英文
英文 latex 随机文本生成器blindtext 使用方法\blindtext 生成一段随机文字\Blindtext 生成一大段文字其实就是将\blindtext 文字乘以 5还支持德文、法文等详细功能看链接https://www.ctan.org/pkg/blindtext
xjtu thesis
https://github.com/obster-y/XJTU-thesis 注意参考文献跟Word差异特别大 需要如下改动
% gbnamefmtlowercase 将姓名除首字母外小写
\RequirePackage[hyperreftrue,backendbiber,stylegb7714-2015,gbalignleft,gbnamefmtlowercase,gbpubfalse]{biblatex}
\renewcommand{\bibfont}{\zihao{5}}
\setlength{\bibitemindent}{1pt}\setlength{\bibnamesep}{-0.05pt}
\setlength{\bibinitsep}{-0.05pt}
\setlength{\biblabelsep}{2pt} %缩序号和条目间的距离
\setlength{\bibparsep}{-3pt} %缩条目间的距离由于biblatex是嵌入到程序中的有一些关键词莫名其妙丧失了功能例如调整条目内行距的 \bibitemsep 不起作用。 关于biblatex的各种关键词可以查文档链接在 https://ctan.org/pkg/biblatex?langen
J/OL
参考文献中 [J/OL] 的含意 OL 表示电子期刊 online? 如果你的 bibtex 中包含了 doi, url 等信息编译后会在 J 后面加 OJ https://www.zhihu.com/question/436028611 如果是Word手动敲参考文献可以留意一下该参考文献是否有具体的页数如果页数、卷目等信息残缺可以甩一个doi加上OL代表虽然我不知道具体页数但你可以通过这个链接访问到
化学
rdkit
使用 rdkit.Chem.Draw 可以友好绘制分子二维图像。 批量绘制时通过将核心稳定可以获得整齐划一的图像。 http://rdkit.org/docs/GettingStartedInPython.html#drawing-molecules
自旋和未配对电子数
https://zhuanlan.zhihu.com/p/550366136 https://zhuanlan.zhihu.com/p/102774303 随手记 自旋多重度未配对电子数总自旋磁量子数电子自旋角动量之间的关系 下述暂不考虑带电体系
每个 alpha 电子是 正1/2每个 beta 电子是负1/2体系内所有电子中和以后净自旋就是通常意义上的自旋 S一般情况下不考虑那么细认为两类轨道是等能的匹配的净自旋就是未配对电子个数的二分之一xtb 的 --uhf 标签自旋多重度这个概念一般 gaussian 用的多是 2S1不知道为什么是这个公式但记着就行。也可以是未配对电子数加1我们常说的单线态就是2S0没有孤电子的情况双线态是2S1一个孤电子以此类推加1即可
波函数中各个量子数
主量子数为电子的层数表示电子层电子层符号K、L、M、N、O、P、Q主量子数n是决定电子能量高低的主要因素。角量子数l决定电子空间运动的角动量以及原子轨道或电子云的形状在多电子原子中与主量子数n共同决定电子能量高低。磁量子数m是描述原子轨道或电子云在空间的伸展方向。
n, l, m 描述的是电子所处的轨道的特征更多是相对原子核而言的 。对应波函数的空间部分。
自旋量子数m_s 原子中电子除了以极高速度在核外空间运动之外也还有自旋运动。电子有两种不同方向的自旋即顺时针方向和逆时针方向的自旋。通常用向上和向下的箭头来代表即↑代表正方向自旋电子↓代表逆方向自旋电子。 可以类比地球绕太阳转同时地球也有自转
m_s 更多是描写电子本身的运动状态。对应波函数的自旋部分。
二者乘一起得到完整的波函数
KS方程的误差
KS方程中引入了单电子近似即不考虑电子间任何相互作用。 这种近似使得求解变成了可能。但引入了两种误差
两电子交换根据泡利不相容原理整个体系的波函数应该加一个负号是会改变的。但这种单电子近似以电子密度为变量的波函数考虑不到这一点。我们称这部分误差为交换误差。Ex两电子之间的库伦排斥力被完全忽略掉了。真实情况的电子由于相互之间的斥力可能会保持一定的距离但在单电子近似下甚至会出现两电子完全重合的情况。由于这种情况下体系能量较高在平均势场的思想下引入这部分误差会使得结果相对真实体系偏高。这部分误差被称作关联误差 Ec.
DFT 理论中为了对冲近似带来的误差引入了交换关联交换关联算符。Exc
值得注意的是HF方程中也引入了单电子近似。但由于基函数 slater 行列式的交换反对称性HF的求解中是没有交换误差的。但是HF的平均力场思想导致其完全忽视了关联误差。
DFT以电子密度为主变量的设定导致其难以弥补交换误差但通过设计合理算符能够很好弥补关联误差。为了综合HF和KS的优点发展出了杂化泛函其中最有名的当属B3LYP
近年来发展出的scan泛函通过合理设计交换关联算符在不涉及HF的情况下也取得了不错的精度值得注意。 https://zhuanlan.zhihu.com/p/382698569
阴阳极
电池中的阴阳极和电路中的正负极不一样。 电池中的阴阳极这个概念是法拉第提出来的阳极指获得电子发生还原反应的一极(anode) 阴极指失去电子发生氧化反应的一极(cathode) 阳极获得电子对应电路中的负极是外电路中电流流入的一极 阴极失去电子对应电路中的正极是外电路中电流流出的一极
Dalton
The dalton (symbol: Da), also known as an atomic mass unit(non-SI), is a unit of mass that is equal to one twelfth of the mass of a free carbon-12 atom at rest. Its value is approximately equal to 1.660 x 10−27 kg.
gaussian install
集群普通用户安装高斯
在自己账号下用 cp 命令把文件从根目录转移至自己的目录添加环境变量登录root账号为文件夹添加权限 sudo chmod -R 750 g16
第三步可以尝试自己加权限不带sudo 不行再上root 注意必须用自己的账号cp这样文件所有者是个人的
快捷键
微软官方的快捷键大全 https://support.microsoft.com/zh-cn/microsoft-edge/microsoft-edge-%E4%B8%AD%E7%9A%84%E9%94%AE%E7%9B%98%E5%BF%AB%E6%8D%B7%E6%96%B9%E5%BC%8F-50d3edab-30d9-c7e4-21ce-37fe2713cfad
比如 ctrlshiftk 是复制当前标签页
read the docs
sphinx
https://sphinx-rtd-trial.readthedocs.io/en/latest/markup/toctree.html read the docs toc 注意事项
maxdepth 必须要赋值如果不赋值的话。当出现两个 toctree 时会自动将二者合并。toc 的标题是由索引文件的最大标题决定的
myst_parser
我们可以通过 myst_parser 在 read the docs 的 CI/CD 工作流中自动转化markdown文件 跟模板不同之处是
需要修改 requirements.txt需要修改 conf.py
markdown 什么都好在测试过程中发现不能实现 rst 格式中便利的 notes 和 warning https://sublime-and-sphinx-guide.readthedocs.io/en/latest/notes_warnings.html
对此没有什么好的解决方案只能将 markdown 转化为 rst 再进行修改注意转化过程中图片的相对路径会变成绝对路径要进行修改
如果对这些feature没有强烈的欲望的话使用本文最后提到的 note 符号也可以
文档中图片不居中的问题
read the docs 网页渲染时图片不居中的问题 可能的原因 所使用的rst是pandoc从md格式转过去的虽然写了一些小脚本加上了 :align: center 但仍然无法解决图片无法居中的问题
read the docs 用户那么多应该不会犯这么低级的错误。一定是我的格式有问题。 在 问答https://stackoverflow.com/questions/4963546/how-to-center-align-the-image-with-rerestructuredtext 里一位答主提到 … image:: some_pic.png :alt: some_pic :align: center 就可以实现居中
在仔细对比后我发现pandoc在进行图片格式转换时输出格式为 figure 不是image。将figure replace成image以后问题顺利解决。
markdown
note 模块 Note
It works with almost all markdown flavours (the blank line below this line and above the top horizontal line matter). Note: The note content. https://stackoverflow.com/questions/25654845/how-can-i-create-a-text-box-for-a-note-in-markdown
分页
https://blog.csdn.net/wyll19980812/article/details/107424344
markdown 使用 div STYLE“page-break-after: always;”/div 进行分页
图片居中调整大小
注意这句话前后两行应该空下不然不能正确显示
img src“./fig/customized_figure.png” width“400px” height“400px” align“center” /
