做网站运作国珍,企业邮箱后缀,app系统开发公司,河源新闻头条最新新闻不想做太多的前情解说了#xff0c;有点累了#xff0c;做了很久的内容#xff0c;包括整个分析#xff0c;从软件安装和报错解决到后期下游python版-R语言版下游分析和可视化#xff01;单细胞代谢分析我们写过很多了#xff0c;唯独少了最“高级”的compass#xff0c…不想做太多的前情解说了有点累了做了很久的内容包括整个分析从软件安装和报错解决到后期下游python版-R语言版下游分析和可视化单细胞代谢分析我们写过很多了唯独少了最“高级”的compass有很多小伙伴需要终于出了我们的教程有什么 1、compass软件安装-主要是解决安装error-以及一些依赖软件问题cplex。 2、分析流程测试包括正常的分析和micropooling的测试。 3、python版下游分析及可视化。 4、有些小伙伴不会用python或者不习惯所以出了R版的下游分析及可视化。 5、所有流程有分段视频解说。 Compass是一篇cell文章提出的方法单细胞、bulk中都可以进行分析。具体请阅读Wagner et al., 2021, Cell 184, 4168–4185August 5, 2021 ª 2021 Elsevier Inc.https://doi.org/10.1016/j.cell.2021.05.045Metabolic modeling of single Th17 cells revealsregulators of autoimmunity。
GithubGitHub - YosefLab/Compass: In-Silico Modeling of Metabolic Heterogeneity using Single-Cell Transcriptomes. 官网也给出了详细的教程和解释
主要可视化是复现Cell文章中的图
