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Custom scoring based on ecological topology of gut microbiota associated with cancer immunotherapy outcome是来自法国Gustave Roussy Cancer Campus的Laurence Zitvogel实验室最近发表在cell的关于使用肠道微生物拓扑结构预测免疫治疗疗效的文章。 该研究提供基于…
介绍
Custom scoring based on ecological topology of gut microbiota associated with cancer immunotherapy outcome是来自法国Gustave Roussy Cancer Campus的Laurence Zitvogel实验室最近发表在cell的关于使用肠道微生物拓扑结构预测免疫治疗疗效的文章。 该研究提供基于肠道微生物之间的co-occurrence共发生网络寻找与免疫治疗相关的拓扑结构网络基于该网络计算得分最终使用该得分预测免疫疗效。该TOPOSCORE具有很强的泛化能力在lung cancer计算得到的TOPOSCORE在其他癌症类型也有很好的预测效果。 相比先前研究单个菌株对疗效的预测效果互作网络能够提高预测效能。这样的思路不仅仅可以用于微生物数据其他类型数据也可以采用。比如先前在转录组水平构建预测打分是基于Cox回归模型的beta系数和表达矩阵也可以使用WGCNA算法构建的互作网络模型获取打分。
