单位做网站怎么做,圣诞树html网页代码,网站发的文章怎么做的,免费的cms有哪些平台本人是win11#xff0c;薛定谔版本是12.9。 官网#xff1a;https://www.schrodinger.com/ 本篇文章的示例大分子蛋白PDB ID为4KNN#xff0c;小分子配体的MOL ID为MOL004004。 本文部分图源来自知乎https://zhuanlan.zhihu.com/p/416698194#xff0c;推荐为原作者贡献阅读… 本人是win11薛定谔版本是12.9。 官网https://www.schrodinger.com/ 本篇文章的示例大分子蛋白PDB ID为4KNN小分子配体的MOL ID为MOL004004。 本文部分图源来自知乎https://zhuanlan.zhihu.com/p/416698194推荐为原作者贡献阅读量捏。 1.Ligand docking讲解可跳过
在右上角的操作区的tasks搜索Ligand docking打开面板如下
1.1.Ligands 1.2.Settings HTVS高通量筛选一般用来筛选很多个小分子SP和HTVS算法原理差不多但是会降低采样的彻底性。XP开始和SP是一样的但是采样更严格运行时间比SP长。对于形状互补更严格所以一般用于排除假阳性。但是需要额外的license 补充如果你需要虚拟筛选一个很大的数据库建议先用SP按照打分排序取前10%-30%用XP重新对接。并勾选write xp descriptor information。 还有一个virtual screening模块相当于先用HTVS、再sp、再xp。 1.3.Output 1.4.job settings 2.Ligand docking实战
在右上角的操作区的tasks搜索Ligand docking打开面板如下 默认从文件中加载glide-grid1.zip并勾选display receptor 和show grid boxes。 选择配体use ligands from files并加载ligprep_1-out.maegz。最后直接run即可。 对接完成后会得到glide-dock_SP_1_pv.maegz文件且左侧工作区会生成多个名字和小分子配体名字一样的条目实际上对接后的构象在我这是MOL004004。
我们点击操作区的table显示如下只用看docking score这一列。 可以看到最好的结果是-5.559只能说有作用力但对接得不算特别好。
3.可视化
待更ing
