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个人认为#xff1a;是否能熟悉使用Shell(项目流程搭建)R(数据统计与可视化)Perl/Python/Java…(胶水语言#xff0c;数据格式转换#xff0c;软件间衔接)三门语言是一位合格生物信息工程师的标准。
生物信息常用语言非常广泛#xff0c;我常用的有…生物信息领域常用语言
个人认为是否能熟悉使用Shell(项目流程搭建)R(数据统计与可视化)Perl/Python/Java…(胶水语言数据格式转换软件间衔接)三门语言是一位合格生物信息工程师的标准。
生物信息常用语言非常广泛我常用的有Perl, R, Shell此外参与网页制作还用过PhPmySQL写博客用Markdown。这些其实都是非常小众的语言如果和计算机专业的人交流对方可能没听过这些语言。本系列“生信人写程序”主要以Perl为主并伴随一些零星的R和Shell编程的经验和技巧。对于生信Perl使用人员有个交流和互相提高的平台让新人少走点弯路。对于没有任何Perl基础强例建议别入坑想学生信找Python教程吧不解释看下图。
TIOBE世界编程语言使用排行
我们可以看到世界前三是Java, C, C大家都听说过第四是Python目前在生领领域有取代Perl地位的趋势目前Perl列第9(世界十大语言之一)下降一位。R语言的数据分析领域有应用越来越广泛今年上升两位至14名Shell由于版本和各类较多在50-100名间有4种此语言只建议快速解决小问题不建议写太长的任务很容易跨平台不兼容。
总结
生信常用语言ShellRPython/Perl
世界三大语言Java, C, C
生信语言的排名Python 4th, Perl 9th, R 16th
Perl写作环境模板推荐
很多人三行两行或直接命令行用perl直接解决问题虽然快但是不容重用和别人使用。因此良好的写作环境和模板是效率和专业的体现即提高自己的代码重用性也方便交流和他人使用。
编程环境IDE
推荐使用Editplus 4.0网上到处都是注册机和序列号随便用下载址搜不到可以点链接http://pan.baidu.com/s/1jHJJ1qe 密码6xm6。优点是可配置模板可直接编辑服务器脚本(省略上传步骤)高效的代码调试。
编程模板
是解决常用功能的写作模板如帮助文档部分(提高代码重用和版本管理方便其他人使用)命令行参数管理(可读性的命令行是程序的基础)程序运行时间统计(项目时间管理)常用文件读取数据结构样式(方便修改文件输入和输出)等
下面是实现这样功能的模板
#!/usr/bin/perl -w
# 加载时间管理参数管理文件名和路径处理的基础包无须安装
use POSIX qw(strftime);
use Getopt::Std;
use File::Basename;###############################################################################
#命令行参数据的定义和获取记录程序初始时间设置参数默认值
#Get the parameter and provide the usage.
###############################################################################
my %opts;
getopts( i:o:d:h:, \%opts );
usage unless ( exists $opts{i} exists $opts{o} );
my $start_timetime;
print strftime(Start time is %Y-%m-%d %H:%M:%S\n, localtime(time));
print Input file is $opts{i}\nOutput file is $opts{o}\n;
print Database file is $opts{d}\n if defined($opts{d});
$opts{h}1 unless defined($opts{h});###############################################################################
#读入的数据或注释文件用于与输入文件比较或注释(可选)提供三种方式
#Read the database in memory(opt)
###############################################################################
#open DATABASE,$opts{d};
# 1. 散列结构数据库要求数据文件有唯一ID并且无顺序要求
#my %database; #database in hash
#while (DATABASE) {
# chomp;
# my tmpsplit/\t/;
# $database{$tmp[1]}$tmp[2];
#}
# 2. 数组结构数据库无唯一ID但有顺序要求
#my (tmp1,tmp2); #database in array
#while (DATABASE) {
# chomp;
# my tmpsplit/\t/;
# push tmp1,$tmp[1];
# push tmp2,tmp[2];
#}
#close DATABASE;
# 3. 批量数据文件读取一批有相似结构的文件
#open a list file
#my %list;
#my filelistglob $opts{i};
#foreach $file(filelist){
# open DATABASE,$file;
# $filebasename($file);
# while (DATABASE) {
# my tmpsplit/\t/;
# $list{$file}{nr};
# }
# close DATABASE;
#}###############################################################################
#Main text.
###############################################################################
# 正文部分读取输入文件列出输入和输入文件的三行作为示例方便编程处理数据
open INPUT,$opts{i};
#chrm0 snppos1 ref2 mat_gtyp3 pat_gtyp4 c_gtyp5 phase6 mat_all7 pat_all8 cA9 cC10 cG11 cT12 winning SymCls SymPval BindingSite cnv
#1 4648 C A C M PHASED C A 0 11 0 0 M Asym 0.0009765625 -1 0.902113
open OUTPUT,$opts{o};
#chrm snppos ref mat_gtyp pat_gtyp c_gtyp phase mat_all pat_all cA cC cG cT winning SymCls SymPval BindingSite cnv
#1 4648 C A C M PHASED C A 0 11 0 0 M Asym 0.0009765625 -1 0.902113my %count;
# h参数用于去除有文件头的行
while ($opts{h}0) { #filter headerINPUT;$opts{h}--;
}
# 输入和输入处理部分常用按行读取处理并输入默认按tab分割数据
while (INPUT) {chomp;my tmpsplit/\t/;print OUTPUT $tmp[0]\t$tmp[1]\n;
}
close INPUT;
close OUTPUT;###############################################################################
#Record the program running time!
# 输出程序运行时间
###############################################################################
my $duration_timetime-$start_time;
print strftime(End time is %Y-%m-%d %H:%M:%S\n, localtime(time));
print This compute totally consumed $duration_time s\.\n;###############################################################################
#Scripts usage and about.
# 程序的帮助文档良好的描述是程序重用和共享的基础也是程序升级和更新的前提
###############################################################################
sub usage {die(qq!
Usage: template.pl -i inpute_file -o output_file -d database -h header num
Function: Template for Perl
Command: -i inpute file name (Must)-o output file name (Must)-d database file name-h header line number,s default 0
Author: Liu Yong-Xin, liuyongxin_bio\163.com, QQ:42789409
Version: v1.0
Update: 2017/6/2
Notes:
\n!)
}模板导入Editplus
将上述代码保存为template.pl在editplus中选择Tools — Preference — Template — Perl点击template.pl右边的…按键选择你自己的template.pl即可以后选择perl脚本会自己加载该模板。 希望对大家有帮助
Reference
https://www.tiobe.com/tiobe-index/
