景德镇网站建设,找代码的网站,广州红鼎网站建设有限公司怎么样,怡清源在慧聪网网站建设情况文章目录 brief数据准备 pheatmap实例最朴素的方式数据缩放取消聚类更改每个小方格的大小聚类以及聚类方式和参数修改热图呈现的颜色修改legend ggplot2实例ggplot2实例变式添加 group bar做成dotplot pheatmap 多图组合问题 brief
这里主要记录了pheatmap 以及 ggplot2实现热… 文章目录 brief数据准备 pheatmap实例最朴素的方式数据缩放取消聚类更改每个小方格的大小聚类以及聚类方式和参数修改热图呈现的颜色修改legend ggplot2实例ggplot2实例变式添加 group bar做成dotplot pheatmap 多图组合问题 brief
这里主要记录了pheatmap 以及 ggplot2实现热图的步骤
数据准备
df_ - df2[1:50,2:13]
df_ - apply(df_,MARGIN 2,FUN as.numeric)
df_pheatmap::pheatmap(df_)pheatmap实例
最朴素的方式
pheatmap::pheatmap(df_)数据缩放
pheatmap::pheatmap(df_,scale column) # scale column / raw / none 按照行/列进行数据的缩放取消聚类
pheatmap::pheatmap(df_,cluster_rows F,cluster_cols F)更改每个小方格的大小
pheatmap::pheatmap(df_,cluster_rows F,cluster_cols F,cellwidth 20,cellheight 20)聚类以及聚类方式和参数
pheatmap::pheatmap(df_,cluster_rows T,clustering_distance_rows correlation,cluster_cols T,clustering_distance_cols manhattan,clustering_method median)
# clustering method has to one form the list: ward, ward.D, ward.D2, single,complete, average, mcquitty, median or centroid.
# 也就是层次聚类中计算距离的方法修改热图呈现的颜色
pheatmap::pheatmap(df_,color c(#6699CC,#FFFF99,#CC3333))修改legend
pheatmap::pheatmap(df_,legend T,legend_breaks c(-3,0,3)) # 自己指定legend在什么位置标数字
pheatmap::pheatmap(df_,legend T,legend_labels c(h,m,l)) # 自己指定legend标记的字符# 当然了还有很多参数用的时候再看吧
pheatmap::pheatmap(df_,show_colnames T,show_rownames T)ggplot2实例
哪ggplot2可以实现热图嘛
# 先把长格式数据转变为宽格式数据
df_ - reshape2::melt(df_)
df_p1-ggplot(df_,aes(xVar2,yVar1,fillvalue))xlab()ylab()
p1p2 - p1geom_raster()scale_fill_gradient2(low#003366, high#990033, midwhite)theme_minimal()
p2# geom_raster() geom_rect() and geom_tile() do the same thing ,都是画小方块的参数不同
# Scales control the details of how data values are translated to visual properties
# scale_*_gradient creates a two colour gradient (low-high),
# scale_*_gradient2 creates a diverging colour gradient (low-mid-high),
# scale_*_gradientn creates a n-colour gradientggplot2实例变式
添加 group bar
df_ - df2[1:50,2:13]
df_ - as.data.frame(apply(df_,MARGIN 2,FUN as.numeric))
df_group - colnames(df_) %% as.data.frame() %% mutate(groupc(rep(ST,3),rep(TZ,3),rep(TL,3),rep(TS,3))) %%mutate(pgroup) %%ggplot(aes(.,yp,fillgroup))geom_tile() scale_y_discrete(positionright) theme_minimal()xlab(NULL) ylab(NULL) theme(axis.text.x element_blank())labs(fill Group)#画热图并将以上信息添加进去
# 先把长格式数据转变为宽格式数据
df_ - df2[1:50,2:13]
df_ - apply(df_,MARGIN 2,FUN as.numeric)
df_ - reshape2::melt(df_)
df_p1-ggplot(df_,aes(xVar2,yVar1,fillvalue)) #热图绘制
p2 - p1geom_raster()scale_fill_gradient2(low#003366, high#990033, midwhite)geom_tile()theme_minimal()theme(axis.text.x element_text(angle 90,hjust 0.5,vjust 0.5))xlab(NULL) ylab(NULL)
p2 %%aplot::insert_top(group, height .05)做成dotplot
p1-ggplot(df_,aes(xVar1,yVar2,fillvalue))xlab()ylab()p3 - p1scale_color_gradientn(values seq(0,1,0.2),colours c(#6699CC,#FFFF99,#CC3333))theme_bw()geom_point(aes(sizevalue,colorvalue))guides(fillnone,colornone,sizenone)theme(panel.grid element_blank(),axis.text.x element_text(angle 45,hjust 1))
p3pheatmap 多图组合问题
这部分内容来自https://www.jianshu.com/p/8fc823c39488
在进行多图绘制的时候用cowplot::plot_grid函数进行多图组合结果在多图组合的时候别的ggplot画图的对象没有任何问题但是pheatmap的出现问题并抛出如下警告信息
p4-cowplot::plot_grid(p1, p2, p3, ncol1, labelsLETTERS[1:3])
Warning message:
In as_grob.default(plot) :Cannot convert object of class pheatmap into a grob.cowplot::plot_grid多图组合的话必须得是ggplot对象而pheatmap不是ggplot对象因此才会出现此问题。解决办法如下
library(pheatmap)
test - matrix(rnorm(200), 20, 10)
mfs - mfs_ma - mfs_fe - pheatmap(test)
cowplot::plot_grid(mfs$gtable, mfs_ma$gtable, mfs_fe$gtable,ncol 3, labelsLETTERS[1:3])
