共享vps可以做网站吗,学做网站看那个网,wordpress转换语言,前端用户中心 wordpressImageJ用户手册-第二部分 ImageJ的使用4. 使用键盘快捷键5. 查找命令6. 撤消和重做7. 图像类型和格式原生格式非原生格式 8. 堆栈、虚拟堆栈、超堆栈Stacks#xff08;堆栈#xff09;Virtual Stacks#xff08;虚拟堆栈#xff09;Hyperstacks#xff08;超堆栈#xff… ImageJ用户手册-第二部分 ImageJ的使用4. 使用键盘快捷键5. 查找命令6. 撤消和重做7. 图像类型和格式原生格式非原生格式 8. 堆栈、虚拟堆栈、超堆栈Stacks堆栈Virtual Stacks虚拟堆栈Hyperstacks超堆栈 9. 彩色图像伪彩色图像真彩色图像颜色空间和颜色分离传送颜色信息 彩色合成图像 10. 选区10.1 操作选区10.2 组合选区10.3 具有亚像素坐标的选区插值选区 11. 套印12. 3D卷积3D Filters3D Object Counter3D ViewerSimple Neurite TracerTrakEM2 13. 设置和首选项 ImageJ的使用
这部分介绍了ImageJ的一些基本知识以便用户更有效地使用该软件。它还介绍了本手册中使用的一些重要术语和概念。如果您已经有效地使用了该程序并且熟悉诸如Virtual Stacks, Hyperstacks, Pseudocolor Images, Color Composite Images or Composite Selections。
4. 使用键盘快捷键
当你使用ImageJ时你会学到越来越多的快捷键因为几乎所有的快捷键都列在ImageJ菜单中。同样在本指南中每个命令的名称上都列出了快捷键两边用方括号括起来。 请注意这些键绑定的表示法是区分大小写的即没有明确提及时便使用Shift修饰符例如大写A表示Shifta并默认选中“编辑选项其他”中的快捷键需要Ctrl键。
修饰符有Shift、Ctrl和Alt三种。
5. 查找命令
浏览ImageJ命令、宏和插件的大量列表可能相当麻烦。通过其内置的命令查找器/启动器ImageJ提供了一种快速替代方案使您能够极其快速地检索命令PluginsUtilitiesFind Commands. . .。
此外ImageJ还提供了一个查找功能用于查找计算机上的宏指令、脚本和插件源文件PluginsUtilitiesSearch. . .。由于大多数IJ源文件都包含间接注释因此您可以使用此实用程序来检索不仅与图像处理例程相关的文件还与实际上下文如放射图、细胞或组织学相关的文件。事实上ImageJ源文件包含详细的注释这些注释对想要了解更多ImageJ例程和算法的开发人员和普通用户都很有用。
6. 撤消和重做
您可能会注意到的第一件事ImageJ没有大的undo/redo缓冲区。撤消编辑撤消当前仅限于最近的图像编辑/过滤操作。随着时间的推移您会意识到这对于最大限度地减少内存开销是必要的。尽管如此对于IJ 1.45及更高版本在大多数情况下Undo是可撤消的并且如果在EditOptionsMemory Threads. . . 选中“Keep multiple undo buffers保留多个撤消缓冲区”则可以应用于多个图像。
如果您无法从错误中恢复您可以始终使用 FileRevert 将图像重置为其上次保存的状态。对于选择EditSelectionRestore Selection 可用于恢复任何错误选择。
在ImageJ中相当于“redo”的是 ProcessRepeat 命令它会重新运行以前使用的命令。
7. 图像类型和格式
数字图像是像素强度值的二维网格图像的宽度和高度由x行和y列方向上的像素数量定义。因此像素图片元素是图像中最小的单一成分具有介于黑色和白色之间的数值——像素强度。该范围的特征即图像中可能存在的唯一强度亮度值的数量被定义为图像的位深度并指定强度编码的精度水平。例如2位图像有2的2次方4个色调00黑色、01灰色、10灰色和11白色。4位图像具有2的4次方16个色调范围从00000到111116等。就每像素比特数bpp而言ImageJ处理的最常见的图像类型图像类型有
8–bit可以显示256个灰度级的图像仅限整数16–bit可以显示65536个灰度级的图像仅限整数32–bit可以显示4294967296灰度级实数的图像。在32位图像中像素由浮点值描述可以具有任何强度值包括NaN非数字。RGB Color彩色图像可在红色、绿色和蓝色通道中显示256个值。这些是24位图像。RGB彩色图像也可以是32位彩色图像24位彩色图像带有额外的8位编码alpha混合值即透明度。
原生格式
ImageJ以本地方式即不需要第三方插件打开以下格式TIFF, GIF, JPEG, PNG, DICOM, BMP, PGM 和 FITS。
TIFF标记图像文件格式是ImageJ的“默认”格式参见FileSave。图像可以是1位、8位、16位无符号、32位实数或RGB颜色。具有多个相同类型和大小的TIFF文件将作为Stacks或Hyperstacks打开。ImageJ通过LZW、PackBits和ZIPDeflate/Ampure压缩方案打开无损压缩的TIFF文件。此外TIFF文件可以打开并保存为ZIP压缩包。当ImageJ在调试模式下运行时Tiff标签和导入文件所需的信息图像数量、第一个图像的偏移量、图像之间的间隙将打印到日志窗口EditOptionsMisc. . . 。DICOM医学数字成像与通信是医学影像学界流行的标准。ImageJ仅支持未压缩的DICOM文件。包含多个图像的DICOM文件以Stacks形式打开。 ImageShow Info. . .显示DICOM的标题信息。可以使用FileImportImage Sequence. . . 打开DICOM序列。或者将文件夹拖放到 ImageJ 窗口上。导入的序列按图像编号而不是文件名进行排序当DICOM图像以TIFF格式保存时将保留标签。ImageJ支持自定义DICOM字典。FITS灵活的图像传输系统是天文界用于数据交换和档案存储的格式。ImageShow Info. . .显示FITS的标题信息。更多信息见here。PGM便携式灰度图PBM便携式位图PPM便携式像素图使用ASCII标头的简单图像格式。更多信息见here。AVI音频、视频转换是一种容器格式可以包含以多种不同方式编码的数据。ImageJ仅支持未压缩的AVI、各种YUV 4:2:2压缩格式以及PNG或JPEG编码的单个帧。请注意大多数MJPG运动JPEG格式无法正确读取。尝试以其他格式打开AVI将失败。
非原生格式
打开文件时ImageJ首先检查它是否可以以原生方式处理该格式。如果ImageJ无法识别文件的类型它会使用HandleExtraFileTypes与ImageJ捆绑的插件调用适当的读取器插件。如果失败它会尝试使用 OME Bio-Formats library如果存在打开文件这是一个出色的插件支持显微镜中使用的一百多种最常见的文件格式。如果仍然无法打开文件则会显示一条错误消息。
因为这两个插件都在积极开发中所以保持它们的更新是很重要的。
此外ImageJ网站列出了60多个插件这些插件可以识别更“奇异”的文件格式。ImageJ文档门户还维护ImageJ支持的文件格式列表有些过时。
8. 堆栈、虚拟堆栈、超堆栈
Stacks堆栈
ImageJ可以在单个窗口中显示多个空间或时间相关的图像。这些图像集被称为堆栈。构成堆栈的图像称为切片。在堆栈中像素表示位图图像中的2D图像数据变为体素体积像素即在三维空间中的规则网格上的强度值。
堆栈中的所有切片必须具有相同的大小和位深度。滚动条提供了在切片中移动的能力滑块前面有一个播放/暂停图标可用于启动/停止堆栈动画。右键单击此图标将运行“动画选项”对话框。
作为一种选择大多数ImageJ过滤器将处理堆栈中的所有切片。ImageJ将多图像TIFF文件作为堆栈打开并将堆栈保存为多图像TIFF。FileImportRaw. . .命令打开其他多图像、未压缩的文件。图像文件夹可以作为堆栈打开方法是将文件夹拖放到“ImageJ”窗口或选择 FileImportImage Sequence. . .。要创建新堆栈只需选择 FileNewImage. . . 并将切片字段设置为大于1的值。ImageStackssubmenu 包含用于常见堆栈操作的命令。
Virtual Stacks虚拟堆栈
虚拟堆栈驻留在磁盘上而不是驻留在RAM上是加载不适合RAM的图像序列的唯一方法。在使用虚拟堆栈时需要记住以下几点
虚拟堆栈是只读的因此在切换到其他切片时对像素数据所做的更改不会保存。你可以通过使用宏指令来解决这个问题。或ProcessBatchVirtual Stack. . . 命令.使用ImageCrop等命令很容易耗尽内存因为任何由不生成虚拟堆栈的命令生成的堆栈都将驻留在RAM中。TIFF虚拟堆栈的访问速度通常比JPEG虚拟堆栈更快。通过将JPEG图像作为虚拟堆栈打开并使用 FileSave AsImage Sequence. . . 以TIFF格式保存,可以将JPEG序列转换为TIFF。
ImageJ将“V”附加到虚拟堆栈和超堆栈的窗口标题。FileImportsubmenu 中的几个内置ImageJ命令能够打开虚拟堆栈即 TIFF Virtual Stack. . . , Image Sequence. . . , Raw. . . , Stack From List. . . , AVI. . .。此外TIFF堆栈可以通过拖放作为虚拟堆栈打开。
Hyperstacks超堆栈
Hyperstacks是多维图像将图像堆栈扩展到四4D或五5D维度x宽度、y高度、z切片、c通道或波长和t时间帧。Hyperstacks显示在一个带有三个标记滚动条的窗口中。与Stacks中的滚动条类似帧滑块t有一个播放/暂停图标。
9. 彩色图像
ImageJ主要通过三种方式处理颜色伪彩色图像、RGB图像、RGB/HSB堆栈和合成图像。
伪彩色图像
伪彩色或索引彩色图像是通过查找表或LUT分配颜色的单通道灰度图像8、16或32位。LUT实际上是一个预定义的灰色值表具有匹配的红色、绿色和蓝色值因此灰色阴影显示为彩色像素。因此伪彩色图像中的颜色差异反映了物体的强度差异而不是已经成像的样本的颜色差异。
8位索引彩色图像如GIF是伪彩色图像的一种特殊情况因为它们的查找表与图像一起存储在文件中。这些图像被限制为256种颜色24位RGB图像允许1670万种颜色同时文件大小也较小。通过颜色量化算法将真实颜色值减少到256调色板。ImageJ使用Heckbert的中值剪切颜色量化算法在大多数情况下该算法允许索引的彩色图像看起来与24位原始图像几乎相同。
真彩色图像
如图像类型和格式中所述诸如RGB图像之类的真彩色图像反映真实的颜色即RGB图像中的绿色反映样本中的绿色。彩色图像通常由彩色CCD相机产生其中滤色器阵列贝尔蒙版放置在图像传感器上。
颜色空间和颜色分离
颜色空间描述图像处理设备处理的色域。因为人类的视觉是三色的所以大多数颜色模型用三个值来表示颜色。从数学上讲这些值颜色分量形成了一个三维空间如RGB、HSB、CIE Lab或YUV颜色空间。
RGB红、绿、蓝是最常用的颜色空间。然而在处理颜色信息时诸如HSB色调、饱和度、亮度之类的其他替代方案提供了显著的优势。在HSB颜色空间中Hue描述了纯色的属性因此可以区分颜色。饱和度有时称为“纯度”或“活力”是颜色阴影的特征即在纯色中添加了多少白色。亮度也称为Value–HSV系统描述颜色的整体亮度。在数字成像处理方面使用HSB系统而不是传统的RGB通常是有利的例如由于HSB图像的亮度分量对应于该图像的灰度版本因此在需要灰度图像的例程中仅处理亮度通道是一个显著的计算增益。
在ImageJ中使用 ImageTypesubmenu 执行图像类型之间的转换。HSB、RGB、CIE Lab和YUV颜色空间的分割可以通过ImageAdjustColor Threshold. . .命令。使用Gabriel Landini的颜色反卷积插件也可以分离颜色成分特别适用于组织化学染色的定量。此外还可以从ImageJ网站上获得其他几个与颜色处理相关的插件。
传送颜色信息
人们看到的颜色变化很大。事实上流行的短语“一幅画抵万字”可能不适用于某些彩色图像特别是那些不遵循彩色通用设计基本原则的图像。引用Okabe和Kei Ito的话 色盲的人可以识别各种各样的颜色。但某些颜色范围很难区分。色盲的发生频率相当高。每12名高加索人中就有1人8%、每20名亚洲人中就有一人5%和每25名非洲人中就有1%4%是所谓的“红-绿”色盲。观众和读者中总是有色盲。一个有250人的房间里应该有10个以上的色盲假设50%的男性和50%的女性。你提交的论文很有可能会交给色盲评审员。假设你的论文将由三名白人男性进行审查考虑到目前的科学人口这是不太可能的他们中至少有一人是色盲的概率高达22%彩色通用设计定义的一个实用点是在红-绿覆盖层中使用品红色。品红色是红色和蓝色的相等混合物。难以识别红色成分的色盲者可以很容易地识别蓝色色调。双阳性区域变为白色这对于色盲来说很容易区分。在ImageJ中使用ImageColorMerge Channels. . . 可以很容易地实现这一点或使用ImageJ宏指令。
彩色合成图像
在合成图像中颜色是通过通道处理的。与普通RGB图像相比这种类型的图像的优势在于
每个通道都与其他通道分开可以使用“通道”工具ImageColorChannels tool…打开和关闭。该特征允许例如在对多个通道进行可视化的同时对特定通道进行测量。通道可以是8位、16位或32位并且可以与任何查找表一起显示。可以合并或分离3个以上的通道。
10. 选区
选区感兴趣的区域ROI通常使用工具栏工具创建。尽管ImageJ可以同时显示多个ROI但一次只能激活一个选择。在区域选择的情况下可以测量AnalyzeMeasure…、绘制EditDraw、填充EditFill或过滤ProcessFilterssubmenu选择。此外还可以保存多个ROI作为非破坏性覆盖层。
选区最初可以用九种ImageJ默认颜色红色、绿色、蓝色、品红色、青色、黄色、橙色、黑色和白色中的一种勾勒出来。创建后可以使用 EditSelectionProperties. . . 对选择进行轮廓绘制或使用任何其他颜色绘制。选区颜色可以在EditOptionsColors. . .中更改通过双击“点工具”或使用热键
10.1 操作选区
在定义或绘制选区时有用的大多数命令都可以在EditSelectionsubmenu中使用并在ROI操作中进行汇总。下面列出了涉及选区的最常见操作
Adjusting调整可以使用笔刷选择工具调整区域选择。此外使用“多边形选择工具”和“分段线选择工具”创建的选择的顶点可以通过Alt/Shift单击进行调整。Deleting删除选择任何选区工具并在选区之外单击或使用EditSelectionSelect NoneManaging编辑通过激活目标窗口并运行EditSelectionRestore Selection可以将选区从一个图像窗口转移到另一个图像窗口。或者通过nalyzeToolsSynchronize Windows在多个图像之间创建选区。多项选择可以存储为套印格式或ROI Manager列表AnalyzeToolsROI Manager. . .。Moving移动只要光标在选区范围内并且已更改为鼠标箭头就可以通过单击和拖动来移动选区。状态栏显示正在移动的选区的左上角坐标或非矩形选择的边界矩形。要移动选区内容而不是选区请单击EditCopy、EditPaste然后在选区内容内单击并拖动。Nudging微调可以使用箭头键在任何方向上一次“微调”一个像素。请注意在没有选区的情况下上下键可放大和缩小图像。Resizing变换笔刷选择工具可用于对ROI轮廓进行精细调整。通过在使用箭头键的同时按住Alt键大多数ROI可以一次调整一个像素的大小。通常通过拖动其中一个选择处理程序来调整选择的大小。拖动时按住Ctrl键可围绕其中心调整选区的大小按住Alt键可强制固定的纵横比按住Shift键可强制1:1的纵横比。
10.2 组合选区
复合选区是包含一个以上像素簇的非连续ROI和/或包含内部空穴的ROI。复合ROI通常由“笔刷选区工具”Brush Selection Tool创建但也可以使用任何其他使用关键点修改器的选区工具来定义。以下修改器键可用于创建组合选区
在按Shift键的同时在当前选区范围之外绘制将创建新选区。要添加非正方形矩形或椭圆必须在添加所选内容后释放Shift键在按下Alt键的同时在当前选区内绘制会创建一个孔从ROI中删除内容
请注意某些操作可能无法在复杂的ROI上正确执行。在这些情况下使用EditSelectionEnlarge. . .将复合ROI转换为多边形可能很有用。
10.3 具有亚像素坐标的选区
在ImageJ 1.46可以以亚像素精度定义选区超出图像的标称像素分辨率浮点选区。如果EditOptionsProfile Plot Options中的“亚像素分辨率”复选框处于激活状态则会使用浮点坐标创建线条选区。可以使用EditSelectionInterpolate命令对预先存在的选区的亚像素坐标进行插值。插值点在放大1200%或更大的图像上创建的小选区上很容易被注意到。
插值选区
以左或不以中亚像素精度绘制的ROI。对于线条选区请参见线条选区工具可以通过激活亚像素分辨率复选框在EditOptionsProfile Plot Options 中启用此选项。可以使用EditSelectionInterpolate对区域选择的像素坐标进行插值。
11. 套印
套印是在图像叠加上“覆盖”像素数据的非结构选区是ImageJ中无损图像处理的核心。在某种程度上您可以将图像覆盖视为一个不可见的ROI管理器在其中添加选区从而使ROI处于“保留”状态。ImageJ2中对多个不同选区的概念进行了显著改进因此如果多个ROI在您的工作流程中很重要我们敦促您下载IJ2。
重要的是图层选区是由数学定义的路径组成的矢量图形而不是由像素定义对象的光栅图形并且不受缩放的影响即不变得像素化。大多数与涂层相关的命令都列在ImageOverlay和ROI管理器窗口AnalyzeToolsROI Manager中。涂层选区的外观可以使用ImageOverlayOverlay Options/Labels进行调整。
涂层保存在tif图像的标题中使用ImageJ的默认文件格式TIFF时不需要外部保存。涂层的主要优点总结如下
选区保存——在ImageJ中一次只可有一个选区。但是可以使用ImageOverlayAdd Selection将选择添加到图像叠加。添加到图像叠加后ROI可以通过Alt点击、Control点击或长按1/4秒或更长时间重新激活。按下Backspace键可以删除激活的ROI。也可以使用ImageOverlayFrom ROI Manager/To ROI命令批量添加和恢复选区。无损注释——套印格式是在ImageJ中注释图像的最佳方式。作为矢量图形套印不会改变像素值即使在高缩放级别下也可以缩放而不损失质量并且可以在不同的不透明度值下显示。通过按住Shift FImageOverlayFlatten的快捷键可以创建具有嵌入套印的图像的RGB快照。将图像保存为PNG或JPEGFileSave As或打印图像画布FilePrint时也会创建覆盖层渲染为像素数据的“展平”图像。选区图像——选区图像是将图像显示为套印层的ROI。如EditSelectionImage to Selection 和ImageOverlayAdd Image中所述这允许在单个图像画布上混合多个图像。
12. 3D卷积
目前ImageJ中对3D ROI包含连续体素簇的选区的支持有些有限。ImageJ2和几个IJ1插件已经解决了这个限制。下面的列表总结了一些有效处理多维对象的ImageJ插件。请注意鉴于这些工具的特殊依赖性将其作为独立的ImageJ插件手动安装是一项具有挑战性的任务这也是为什么它们都作为Fiji的一部分捆绑在一起的原因。
3D Filters
可以安装专门的3D filters如ProcessFiltersGaussian Blur 3D以执行3D操作。
3D Object Counter
3D Object Counter (3D-OC) 对堆栈中的3D对象进行计数和限定类似于AnalyzeAnalyze Particles执行的2D分析。
3D Viewer
3D Viewer为ImageJ带来了强大的硬件加速3D可视化功能扩展了ImageStacks3D Project的有限功能。在ImageJ 3D Viewer中堆栈可以显示为基于纹理的体积渲染、曲面或正体。它是宏可记录的可以被其他插件用作3D可视化的高级编程库。
Simple Neurite Tracer
Simple Neurite Tracer可实现管状结构的3D半自动分割。
TrakEM2
如前所述TrakEM2为感兴趣的多维区域提供了强大的工具。
13. 设置和首选项
ImageJ首选项会自动保存在首选项文件IJ_prefs.txt文本文件中。一些宏和插件也会将参数写入该文件。如果使用EditOptionsReset擦除IJ_prefs.txtImageJ将在下次打开时创建一个新的将所有参数重置为默认值。有时覆盖或恢复在工作会话期间可能已更改的某些设置可能会很有用。
setOption宏函数可用于设置此选项和其他几个ImageJ选项。从StartupMacros.txt文件中的“AutoRun”宏调用此函数可确保每次启动ImageJ时都设置首选项。宏“Ensuring Specific Settings at Launch”举例说明了这种方法确保在启动时强制执行以下设置
TIFF标记值由ImageJ显示双三次插值优于双线性插值测量图像名称的名称记录在结果表的第一列中测量不限于阈值像素处理二进制图像时假设黑色背景上有白色物体背景色为黑色前景色为白色ImageJ图包含网格线大小始终为350×200像素在最后保存的屏幕位置打开BC小部件
